El nuevo milenio le trajo a los Pumas un bicampeonato y un sonado triunfo contra el mismo Real Madrid en el Santiago Bernabeú de España.
Pumas Unam Verano 2002
Arriba : Rafael Márquez, Joaquín Beltrán, Leandro Augusto, Rodrigo Barreg+an, Sergio Bernal y Emerson Dos Santos.
Abajo : Miguel España, Luis Ignacio González, Manuel de la Torre, José Luis López y Mariano Trujillo.
Entrenador : Hugo Sánchez.
Pumas Unam Clausura 2004
Arriba : Israel López, Sergio Bernal, Dario Verón, Hugo Sánchez (DT), Joaquín Beltrán, Francisco Fonseca y Jaime Lozano.
Abajo: Joaquín Del Olmo, José Luis López, Leadro Augusto, Ailton Da Silva, Gerardo Galindo y Bruno Marioni.
Hugo Sánchez, al llegar a la dirección técnica del equipo, le incultó un espiritú triunfador y convenció a los jugadores de ser los mejores y obtener los objetivos. En el clausura 2004, se obtenía el cuarto título de la historia, tras catorce años de espera. Esa espera de la afición, se vería recompensada con un bicampeonato.
“El 2004 fue un año de ensueño para los pumas. Se consiguió ganar el bicampeonato y ganarle al mismo Real Madrid en el Santiago Bernabeú, eso definitivamente es un año redondo”.
El camino para llegar al bicampeonato no fue sencillo. Durante el torneo de Apertura 2004 la clasificación a la liguilla parecía alejarse, sin embargo se logró calificar a pesar de quedar en el noveno lugar de la tabla general. En la liguilla todo cambió, el equipo se revolucionó y dejó fuera al líder del torneo (Veracruz) y en semifinales al Atlas, para luego vencer a Monterrey de visitante.